Na stałą ekspozycję Muzeum Uniwersytetu Jagiellońskiego w Collegium Maius składają się zabytkowe wnętrza, takie jak libraria (biblioteka), stuba communis (dawna jadalnia),skarbiec, pokoje profesorskie, mieszkanie Jana Kantego, Aula (zawierająca cenny zbiór malarstwa).
Od początku XVI w. w Librarii mieściła się biblioteka uniwersytecka. Obecnie Libraria stanowi wejście na stałą ekspozycję muzeum. Charakterystycznym elementem wnętrza jest późnogotyckie sklepienie sieciowe. Do jej westybulu prowadzi pozłacany gotycki portal zwany Złotą Bramą (Porta Aurea). Ściany Librarii zdobią portrety osób, które niegdyś przyczyniły się do rozwoju Biblioteki Jagiellońskiej i Muzeum Uniwersytetu Jagiellońskiego. Libraria Collegium Maius jest dziś między innymi miejscem posiedzeń Senatu Uniwersytetu Jagiellońskiego.
Do XVIII wieku w Europie uczeni mieszkali w kolegiach. W Collegium Maius mieszkali teologowie i niektórzy profesorowie sztuk wyzwolonych. Stuba Communis to zbudowana w 1430 r. wspólna izba, w której spotykano się dwa razy dziennie na posiłkach oraz niekiedy organizowano zebrania. Podobnie jak w średniowieczu, pośrodku stoją tu trzy dębowe stoły ustawione w podkowę. Na wprost stołów znajduje się wykusz, w którym podczas posiłków najmłodszy z profesorów czytał Biblię oraz fragmenty ksiąg Ojców Kościoła. Życie akademickie przypominało życie klasztorne.
W dwóch skarbcach Collegium Maius przechowywane są najcenniejsze pamiątki uniwersyteckie. Tradycja gromadzenia zbiorów uniwersyteckich liczy sobie ponad sześć wieków i trwa do dziś. Dzięki hojnym darczyńcom, profesorom i wychowankom Uniwersytetu podziwiać możemy wybitne dzieła sztuki, wytwory rzemiosła artystycznego, instrumenty naukowe oraz pamiątki po znanych i cenionych osobistościach. W sejfie Pierwszego Skarbca pośród cennych przedmiotów znajdują się między innymi insygnia władzy rektorskiej. Miejsce szczególne zajmuje mechaniczna sfera armilarna z XVI stulecia, nazywana „Złotym Globusem Jagiellońskim". Na globusie widnieje jedno z pierwszych przedstawień Ameryki północnej w historii kartografii globusowej. W drugiej części Skarbca prezentowane są rozmaite przedmioty: naczynia stołowe, ceramika, sprzęty liturgiczne, judaika, wśród których znajdziemy zarówno obiekty z XV jak i XX wieku. Można tu również zobaczyć najnowsze nabytki w zbiorach muzeum: nagrody filmowe przekazane przez Andrzeja Wajdę, złoty medal olimpijski Roberta Korzeniowskiego oraz medal Nagrody Nobla podarowany uniwersytetowi przez Wisławę Szymborską.
W muzeum zwiedzimy także pokoje profesorskie. Do końca XVIII wieku w Collegium Maius mieściło się 20 mieszkań, nazywanych rezydencjami. Większość z nich zajmowali teologowie, ale niekiedy mieszkańcami zostawali także najstarsi profesorowie wydziału artium. Przez długi czas pokoje w rezydencjach nie były ze sobą połączone przejściem, dlatego do dzisiaj istnieją dawne wejścia prowadzące z dziedzińca.
W Collegium Maius zachowały się przedmioty z czasów, kiedy podstawy wiedzy matematycznej zdobywał tu późniejszy słynny astronom Mikołaj Kopernik. Należy do nich jeden z najcenniejszych w zbiorach światowych, prezentowany w tzw. pokoju Kopernika unikatowy zespół trzech średniowiecznych instrumentów astronomicznych, w 1493 r., który oglądał zapewne młody Mikołaj. Tenże zespół: astrolabium, torquetum i globus nieba z astrolabium, uzupełniony jest na ekspozycji innymi, równie kosztownymi instrumentami astronomicznymi, w tym kilkoma astrolabiami, zegarami słonecznymi oraz kopiami dokumentów i najsłynniejszego dzieła astronoma De revolutionibus orbium celestum.
Aula uniwersytecka mieści kolekcję obrazów, z których większość stanowią portrety profesorów i rektorów uniwersytetu. Nie brakuje jednak wizerunków biskupów krakowskich i królów. Szczególne miejsce zajmuje pięć portretów umieszczonych nad oknem od strony ul. Jagiellońskiej, upamiętniających profesorów zamordowanych w czasie II wojny światowej w niemieckich obozach koncentracyjnych.
Pomieszczenie, w którym mieszkał niegdyś związany z uniwersytetem św. Jan Kanty mieści obecnie kaplicę św. Jana Kantego. To tutaj modlił się papież Jan Paweł II 22 czerwca 1983 roku , kiedy otrzymał godność doktora honoris causa Uniwersytetu Jagiellońskiego.
Zwiedzanie odbywa się w grupach maksimum 20-osobowych z przewodnikiem co 20 minut. Czas zwiedzania ok. 30 minut.
