Muzeum Dom Jana Matejki zostało utworzone w domu rodzinnym artysty Jana Matejki (1838–1893) naj-wybitniejszego polskiego przedstawiciela nurtu malarstwa historycznego, kolekcjonera, prekursora konserwacji i ochrony zabytków, profesora i wieloletniego dyrektora Szkoły Sztuk Pięknych w Krakowie, członka wielu towarzystw i stowarzyszeń artystycznych, naukowych oraz społecznych. Zabytkowa krakowska kamienica (przebudowywana w XVIII i XIX w.) znajdująca się przy dawnym Trakcie Królewskim jest miejscem, w którym urodził się, mieszkał z rodziną, tworzył i zmarł Jan Matejko.
Towarzystwo jego imienia, powołane tuż po jego śmierci, postawiło sobie za cel uczczenie osoby wybitnego malarza, tworząc muzeum biograficzne jemu poświęcone. Dużym nakładem sił, w wykupionym od rodziny domu zgromadzono drogą systematycznych zakupów i darów różnorodne eksponaty związane z postacią Jana Matejki i jego rodziny, zbiory kolekcjonerskie artysty, prezentując je po raz pierwszy publiczności już w 1898 roku. Następnie przekazano muzeum biograficzne pod zarząd Muzeum Narodowego w Krakowie. W placówce znajdują się prace reprezentujące wszystkie fazy twórczości malarza: wczesne studia olejne, niewielkie szkice kompozycyjne do wielkich płócien o tematyce historycznej (m.in.: Mikołaj Kopernik [1871], Jan Sobieski wręcza kanonikowi Denhoffowi list do papieża z wiadomością o zwycięstwie nad Turkami pod Wiedniem w roku 1683 [1880]), przykłady portretów rodziny i przyjaciół, jak również Autoportret z 1887. Cenny zbiór rysunków obejmuje szkice do kompozycji historycznych, studia portretowe, kostiumowe, architektoniczne i krajobrazowe oraz rzemiosła artystycznego. Szczególne miejsce zajmują rysunki satyryczne prezentowane na wystawie czasowej „Satyra i komiks u Jana Matejki", dzięki którym artysta daje się poznać jako człowiek z poczuciem humoru, obdarzony autoironią i dystansem. Historie, opowiedziane rysunkiem przez Matejkę, są komentarzem do otaczającej go rzeczywistości. Z prac emanuje kpina z patosu i celebry ówczesnego świata, którego uczestnikiem był sam artysta. Opowiadał o tym karykaturą, satyrą, w nieco zamaskowany sposób, w domowym zaciszu. W ten sposób żartobliwie przedstawiał siebie, swoją pracę, rodzinę, przyjaciół i współpracowników.
