Wystawa w Domu Jana Matejki jest refleksją nad postawami obywatelskimi w dziewiętnastowiecznym społeczeństwie oraz nowatorskim podejściem do sposobu upamiętnienia wybitnego i popularnego artysty. Porusza kwestie dotyczące udziału artystów w życiu społecznym, budowania postaw obywatelskich, świadomej promocji historii i kultury narodu oraz rozwoju muzealnictwa w Polsce. Innowacyjny pomysł uczczenia pamięci wybitnego człowieka, zasłużonego dla kultury polskiej i europejskiej – zgłoszony po śmierci Jana Matejki przez prof. Mariana Sokołowskiego – jest realizowany od 125 lat.
Jan Matejko zmarł 1 listopada 1893 roku w swoim domu przy ulicy Floriańskiej i został pochowany w grobowcu rodzinnym na cmentarzu Rakowickim w Krakowie. Uroczysty pogrzeb artysty, w którym brali udział mieszkańcy miasta i liczne oficjalne delegacje, odbył się 7 listopada. Kardynał Albin Dunajewski odprawił w kościele Mariackim nabożeństwo żałobne, później kondukt okrążył Rynek Główny, a następnie, przy dźwiękach dzwonu Zygmunta, ulicami Floriańską i Lubicz udał się na cmentarz.
Pogrzeb zgromadził tysiące Polaków i przerodził się w patriotyczną manifestację. Profesor Marian Sokołowski na łamach krakowskiego „Czasu” wystąpił z projektem utworzenia muzeum imienia Matejki. Zaproponował wykupienie domu artysty z rąk spadkobierców ze składek społecznych. Podstawowym założeniem organizacji muzeum Jana Matejki było zachowanie możliwie największej części spuścizny po artyście, a także zgromadzenie odpowiedniej dokumentacji fotograficznej obrazów jego autorstwa (aktualnie kolekcja związana ze sztuką i życiem Matejki liczy 26 tysięcy obiektów).
Inauguracja Muzeum Dom Jana Matejki odbyła się 6 marca 1898 roku. Zaprezentowano wówczas w pełni urządzone pomieszczenia pierwszego piętra domu. Wystawiono obrazy Matejki, rysunki, zabytki rzemiosła artystycznego oraz przedmioty codziennego użytku. Ekspozycja została zaplanowana w taki sposób, by zwiedzający mógł się zapoznać z pamiątkami po artyście, jego zbiorem kolekcjonerskim oraz projektami polichromii.
Na początku XX wieku, w miarę zdobywania środków finansowych, aranżowano kolejne piętra muzeum.
Z okazji 125. rocznicy utworzenia muzeum ekspozycję podano „liftingowi” tak, by przypominała tę sprzed lat. Aktualnie eksponowanych jest na niej ponad 600 obiektów. Oprócz przedmiotów bezpośrednio związanych z życiem i twórczością Jana Matejki, takich jak rysunki, obrazy, pamiątki osobiste, materiały źródłowe (m.in. listy, dokumenty), znajdują się tu także zabytkowe tkaniny, stroje, rzemiosło artystyczne, broń oraz starodruki z kolekcji artysty.
Genius loci tego miejsca zawsze tworzyli ludzie, a od chwili powstania muzeum – również zbiory. Wystawa w czterech odsłonach, eksponowana w dawnych pokojach III piętra, przybliża fenomen Muzeum Dom Jana Matejki jako domu artysty i muzeum biograficznego w kontekście historii, zdarzeń, ludzi: od niezwykłych mieszkańców po opiekunów – genius familiae i genius loci.
Na wystawie zobaczymy 35 obiektów: obrazów, pamiątek rodzinnych, dzieł sztuki. Są tam m.in. zaprojektowane przez Józefa Mehoffera godło muzeum oraz bilet na loterię urządzoną w celu zdobycia funduszy na jego urządzenie (prezentowany na wystawie). Prezentowane są też pierwsze zabytki ofiarowane do zbiorów Muzeum Dom Jana Matejki. Ich darczyńcami byli m.in. Marian Sokołowski, Marcelina Czartoryska, Stanisław Bełza, Izydor Jabłoński, Tadeusz Stryjeński, Teodor Rygier, Maciej Szukiewicz. Cyprian Godebski przesłał z Paryża akwarelę Paula Delaroche’a (1797–1856), który wywarł znaczny wpływ na wczesny okres twórczości Matejki. Dar Seweryny Czajkowskiej wzbogacił zbiory o kilkanaście akwarelowych i olejnych prac krakowskiego malarza. To tylko niektóre z obiektów pokazanych na wystawie.
