Stała ekspozycja Muzeum Dominikanów znajduje się na dwóch poziomach krakowskiego klasztoru: na parterze oraz w średniowiecznych piwnicach pogłębionych, by pomieścić sale wystawowe. Tym, co szczególnie zachwyca są romańskie mury, gotyckie hipokaustum, niedostępne wcześniej podziemia pochodzącej z XIII wieku budowli. Trudno wyobrazić sobie lepszą lokalizację dla muzeum dominikanów w Polsce. To tu przez wieki mieściła się siedziba dominikańskiej prowincji obejmującej w zależności od okresu tereny rozciągające się nie tylko na obszar Królestwa Polskiego, ale także na Śląsk, Pomorze, Prusy oraz ziemie Litwy i Rusi. To tu znalazły się skarby kultury i archiwalia zebrane przez braci po 1945 roku z ziem wschodnich przedwojennej Rzeczypospolitej.
Najcenniejszym obiektem w zbiorach muzeum jest zespół najstarszych w Polsce kwater witrażowych z przełomu XIII i XIV wieku, które wcześniej przechowywane były jako depozyt w Muzeum Narodowym w Krakowie. Warto także wspomnieć o zespole przedmiotów związanych z początkami klasztoru odnalezionych w trakcie badań archeologicznych.
Do najważniejszych obiektów w Muzeum Dominikanów należą także:
- Zespół sześciu figurek z alabastru przedstawiających Chrystusa i pięciu apostołów, powstałych w południowych Niderlandach albo północnej Francji na przełomie 2. i 3. ćw. XV w.;
- Tzw. Matka Boska Jackowa, posążek z alabastru związany przez tradycję dominikańską ze św. Jackiem (rzekomo uratowany przez niego z płonącego Kijowa;
- Dwie karty z zaginionej kopii Żywota i cudów św. Jacka (De vita et miraculis sancti Iacchonis), autorstwa brata Stanisława – najstarszy znany zapis pierwszego żywotu św. Jacka Odrowąża, z ok. 1360 roku;
- Brązowy tłok pieczętny (typariusz), wykonany zapewne w Europie Zachodniej (Francja?) na przełomie XIII i XIV wieku.
- Trzytomowe Graduale Ordinis Fratrum Praedicatorum, przepisane w 1536 roku przez bakałarza Wiktoryna, wykonane na pergaminie ofiarowanym przez krakowskiego pergaministę Jerzego. Rękopis chórowy używany w klasztorze do XIX wieku.
- Szkoła św. Tomasza z Akwinu, obraz Tomasza Dolabelli, weneckiego malarza działającego w kręgu dworu Wazów, który w 1618 r. wynajął od braci św. Dominika kamienicę przy ul. Stolarskiej. Wraz z tym wydarzeniem rozpoczął się „włoski” etap renowacji zespołu klasztornego, a Dolabella spoczął w 1650 r. w kaplicy Pana Jezusa Ukrzyżowanego przy kościele Świętej Trójcy. Do pożaru w 1850 r. w klasztorze znajdował się wielki zespół obrazów tego malarza;
- Złota monstrancja z klasztoru w Podkamieniu ozdobiona wielobarwną emalią korpusową, z wieńcem uważanym tradycyjnie za ozdobę ślubną królowej Bony. Wyrób polski z 2 poł. XVII wiekuz dodaną wtórnie stopą z XVIII/XIX w. Jeden z najwyższej klasy wyrobów złotniczych z ziem dawnej Rzeczpospolitej odznaczający się wyjątkową elegancją przy wielkim bogactwie dekoracji.
- Preteksta krzyżowa ornatu z przedstawieniem Trójcy Świętej w typie Tronu Łaski, wykonana zapewne w Krakowie w latach ok. 1380–1395 w technice haftu kładzionego nicią metalową, haftu nićmi jedwabnymi ściegiem rozłupanym i ściegami płaskimi. Najwyższej klasy dzieło średniowiecznego hafciarstwa i najstarsza tkanina liturgiczna w klasztorze.
- „Skarb” biżuterii antycznej złożony m.in. z rzymskich pierścieni ze złota z wprawionymi gemmami, kolczyków, lunuli, a także odlanej z brązu figurki pantery. Zespół przedmiotów pochodzących z wykopalisk archeologicznych.
